2002'den önce, Almanya'da finans sektörünün düzenlenmesi üç ayrı kurum tarafından yapılıyordu. Mayıs 2002'de Finansal Hizmetler ve Entegrasyon Yasası'nın kabul edilmesinin ardından BaFin kuruldu. Kanunun amacı ve üç kurumun birleştirilmesi, tüm finansal piyasaları kapsayabilecek tek bir entegre finansal düzenleyici oluşturmaktı. Federal Bankacılık Denetleme Ofisi, Federal Menkul Kıymet Ticareti Denetleme Ofisi ve Federal Sigorta Denetleme Ofisi bir araya gelen kurumlardı. 2003 yılında Bankacılık Yasası'nın kabul edilmesinin ardından müşteri korumasını artırmak ve iyileştirmek amacıyla BaFin'e daha fazla sorumluluk verildi. Ekstra yetkiler, finansal kurumların kredi değerliliğini izlemeyi ve onlar hakkında ayrıntılı bilgi toplamayı içeriyordu. Bu özel sorumluluk alanı Bundesbank ile paylaşıldı. Şu anda BaFin, bankacılık denetiminin sorumluluğu Avrupa Merkez Bankası tarafından devralındığı için bir tür geçiş yaşıyor.